Walaupun tidak semegah masjid indah di Jakarta lainnya, Masjid Babah Alun Desari ini memiliki arsitektur yang unik. Nuansa Tionghoa pada bangunannya menjadi nilai tersendiri.

Nama Babah Alun Sendiri merupakan nama kecil dari sang penggagas masjid. Dengan nuansa merah dan hijau yang cerah, masjid ini menjadi rumah ibadah sekaligus bangunan dengan nilai seni yang unik.